いまいち分かりやすい説がないので、なぞのばしょバグについてまとめてみました。
某Wikiに自分が投稿した文も一部使用しています。

(1)たんけんセットを使える場所ならどこへでも行けるが、逆にたんけんセットを使えない場所には行けない。
※使えない場所については(2)

(2)たんけんセットを使えない場所は建物や森や洞窟などの施設内。
ダークライ、シェイミのいる場所は屋外でたんけんセット使用可の場所にいた為に出来た。
ダークライは森の中だが、その外に出る事により解決出来た。
※森の中ではなく、外の地面に出るから。

(3)アルセウスは施設内にいるためにアルセウスの場所に出たつもりでもそこは施設外、
屋外から見たテンガンざんの山の中に埋まって身動きが取れなくなる(w
※上のはあくまでギャグです。実際には主人公を表示出来ないので四方を壁に囲まれます。

アルセウスはてんかいのふえを使用してひかりのかいだんを出さないと捕まえられない。
※はじまりのまの下にも足場があるので、どちらに主人公を表示するか不明なのでバグる。
その為、アルセウスがいる位置に出ても地面に落ちてやりのはしらの柱に突き刺さってポックリ(w
※これもギャグです。

それでは、バグ修正プログラムの原理を説明しよう。
ほとんどのゲームは座標で成り立っている。
ポケモンリーグの座標を(1,1)ズイタウンの座標を(-2,-2)としよう。
左に2・下に2進むか、右に進んでマップの反対側に出てからその位置まで移動すればズイタウンまで行ける。
バグ修正プログラムは主人公のいる座標を変更する事によって成り立っている。
PAR等でも座標を変更する事は可能である。
例えばクロガネのジムの座標は25FA:011A 25FE:02F5である。

なぞのばしょ(所謂暗黒世界)は「シンオウマップ全体」である。
バグマップと考えてもらっても構わない。
そのバグマップから地下へ潜り、通常マップへと移るのだ。
なぞのばしょは地下1階、地下通路は地下2階で、通常のマップが地上1階と考えれば分かりやすいかも知れない。
但し、あくまで例えである事を忘れないように。

なぞのばしょは任天堂社員が作ったと言う阿呆らしいガセネタが出回っているようです。
はっきり言って違います。わざと作ったのなら全国にニュースで流れます。はい。
もしも対応出来ないマップがあったら困るから「なぞのばしょ」と設定しているだけです。

アルセウス捕獲映像
http://www.youtube.com/watch?v=OEHOD7s9m8I

[4月8日追記] お知らせ
この記事をコピペし、文を少し変えて投稿している者がいると複数名から連絡(通報)がありました。
コピペするんならURL載せるなり許可を取るなりして下さい。

結果

なぞのばしょ=シンオウマップ全体


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